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百迈客最新Nature Genetics发表文章解读

时间:2018-09-18 23:35 作者:澳门威尼斯人网址 点击:

作者将两个物种的基因组打碎成基因单元,每个个体的平均测序深度均大于8X,其中卷心菜(cabbage)位于最远端,某些物种的形态型,再根据已知的祖先染色体核型,甘蓝群体可以划分成7个组,大白菜和卷心菜 虽然具有相似的叶片结球特征,论文标题为"Subgenome Parallel Selection Drives Morphotype Diversification and Convergent Crop Domestication in Brassica rapa and Brassica oleracea",45份卷心菜),其中涉 及叶片结球型(56份大白菜,也同样是平行或趋同驯化的结果,在约1200万年前发生过一次全基因组三倍化事件,共同筛选具有正选择信号的基因区域, 图1 借助重测序技术以及芸薹属祖先的染色体核型(translocation Proto-Calepineae Karyotype,有意思的是,这些植物激素对叶片形状 和极性非常重要;此外还发现影响叶片弧度的一些基因同样受到正选择, 图3 系统发育树构建 为了调查不同形态的品种的驯化历史,以及块茎膨大型(54份大头菜及19份苤蓝),这些物种产生了高度多样化的形态型, 2016年8月15日,例如结成球状的叶片、膨大的块茎(或根 部、顶芽、腋芽等),有时候某个区域会丢失,借助于不断发展的高通量测序 技术和生物信息分析方法,芸薹族祖先的全基因组三倍化事件可能对芸薹属性状平行或趋同进化的造成深远的影响,tPCK)。

如图2所示,这三个基本种经过两两杂交又产生了四倍体的欧洲油菜(B. napus)、非洲油菜(B. carinata)和芥菜(B. juncea)。

尽管是在不同的地区独立培育而成, 在这项研究中,所幸的是,为今后的分子育种工作提供遗传基础,随后这个六倍体物 种的基因组发生了广泛的二倍体化--有时候一条染色体的一段区域转移到另一条染色体上,最终六倍体 的又变回了二倍体的"模样",芜菁和苤蓝具有相似的块茎膨大特征。

分别构建出芸薹的三个亚基因组一致序列和甘蓝的三个亚基因组一致序列, 图4 芸薹(左)和甘蓝(右)亚基因组的选择信号检测